Masjid Al Muttaqien Komplek TNI Angkatan Laut Kenjeran yang berdiri  tanggal 27 Juni 1968, agar eksistensi dapat terlaksana dalam pelayanan Masyarakat,  maka  tokoh Masyarakat di komplek perumahan dinas Angkatan Laut Kenjeran Surabaya mendirikan Yaayasan Masjid Al-Muttaqien pada hari  Rabu tanggal 23 Mei 1979 yang di catat oleh Notaris Goesti Djohan N0. 99. Untuk pertama kalinya di atahun 1979 dengan Ketua Umum Fahmi Djamaris .

Pembelajaran sekolah di Lingkungan Yayasan Masjid Al Muttaqien dimulai bulan Juli 1980. Berdasarkan surat keputusan Ketua Yayasan Masjid Al Muttaqien Nomor: SKEP.B/03/MTQ/V/1979 tentang pendirian Sekolah Dasar dan Taman Kanak-Kanak Al Muttaqien, yang diterbitkan pada tanggal 7 Mei 1979, dan berdasarkan Surat Keputusan Wali Kota Surabaya No.141/SD/III/TtprBg.Pem/1980 yang ditandatangani oleh Wali Kota Surabaya R.Bambang Hartono.

Susunan Badan Musyawarah Anggota (BMA) dan badan pengurus yayasan Masjid Al Muttaqien periode 2001-2003, sebagai berikut :

Badan Musyawarah Anggota (BMA) terdiri dari 73 orang dari 3 RW dan 23 RT. Dengan ketua Laksma (Pur) dr. H.M. Sjamsul Anwar, Sp.KL.

Pengurus Inti Badan Pengurus Yayasan  dengan Ketua Letkol (pur) Soekirman,

Berdasarkan Akta Notaris Nomor 7, tanngal 22 Desember 2022 yang dibuat oleh Notaris Amelia Saraswati Dwiarini S.H., M.Kn., mengenai perubahan Pembina, Pengurus, Pengawas, Yayasan Masjid A-Muttaqien dan sudah terdaftar di Kementrian Hukum dan Haka Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor AHU-0039341.01.12.Tahun 2022 Tanggal 23 Desember 2022 dengan susunan pengurus sebagai berikut :

          Ketua Pembina      : dr. H. Moch. Syamsul Anawar, SpB. KL.

          Anggota                 : H. Heru Santoso, M,SI(HAN)

          Anggota                 :  dr. H. Djoko Tamtomo, S.PD.

          Anggota                 : H. Surayitno Paendri Dayu, SE, S.Sos,MA.    

          Anggota                 : H. Koesprapto, S.Sos.

          Ketua Umum          : Drs. Widada,

          Sekretasris Umum : Mashudi, S.Ag.

          Sekretaris               : Sukadji.

          Bendahara             : Umar Ismail, SE.

          Pengawas               : Achmad Subagyo.